Aspek kedua dari strategi
pembangunan jangka panjang Uni Eropa adalah deepening
atau pendalaman. Yang dimaksud pendalaman adalah pembaruan tugas,
kewenangan, peran dan tanggung jawab yang lebih besar dan kuat pada
institusi-institusi di dalam Uni Eropa. Termasuk juga di dalam konsep deepening adalah pendalaman di bidang
kerjasama, sistem dan mekanisme birokrasi yang kesemuanya itu bersumber pada
penguatan birokrasi dalam institusi itu sendiri.
Hal ini tidak berarti bahwa sistem pendalaman kerjasama akan memperpanjang mekanisme birokrasi karena di dalam konsep itu sendiri terkandung juga makna simplikasi proses birokrasi dengan mempermudah mekanisme pengambilan keputusan melalui syarat majority di berbagai jajaran institusi Uni Eropa.
Berdasarkan konsep deepening ini, jangkauan keputusan dan segala peraturan yang dibuat oleh institusi-institusi Uni Eropa memberikan akibat hukum yang mengikat, baik bagi negara anggota maupun bagi institusi yang bersangkutan. Dengan demikian keputusan-keputusan Uni Eropa terutama dalam bentuk regulation and directive memiliki validitas hukum yang kuat sebagai suatu produk kelembagaan.
Ide tentang pendalaman ini tidak dapat dipisahkan dari perluasan (baik keanggotaan maupun kegiatan) karena setiap perluasan ynag dilakukan akan berpengaruh langsung bagi implementasi konsep pendalaman. Makin banyak jumlah anggota, semakin sulit menyepakati sistem pengambilan keputusan mufakat bulat (unanimity). Salah satu contoh kesulitan dalam melaksanakan konsep pendalaman ini daat dilihat dari kompleksnya usaha untuk mencapai penyatuan moneter Eropa yang direalisasikan melalui pemberlakuan mata uang tunggal Eropa yang dikenal dengan sebutan Euro.