Pada saat anggaran direalisasikan ke dalam satker per departemen atau instansi ternyata apa yang direncanakan dengan apa yang menjadi realitas keseharian sering kali tidak
sesuai dengan target. Dengan demikian
daya serap anggaran bisa dikatakan tidak sesuai dengan apa yang direncanakan. Sehingga daya serap anggaran lebih rendah dari apa yang telah direalisasikan sesuai dengan satuan kegiatan masing-masing per departemen atau instansi. (Simanjuntak tahun 2005)
Menurut Simanjuntak,
rendahnya daya serap anggaran
dikarenakan beberapa faktor. Namun yang
paling
utama dan mendasar adalah faktor internal. Mengapa
demikian ? Karena, kinerja
organisasi yang tidak profesional dalam mengelola anggaran yang sudah direalisasikan dapat menjadi kendala
utama. Seperti lambatnya aparat birokrasi merevisi
angggaran, tidak akurasi revisi anggaran sesuai dengan instansi terkait yaitu departemen keuangan
sehingga terpaksa dilakukan
beberapa kali revisi, pengalokasian dana pulau
jawa dan luar jawa di dalam
ruang lingkup kerja departemen atau intansi yang terkait, dan lainnya. Sedangkan faktor eksternal adalah hubungan pemerintah pusat dan
daerah, anggaran yang ditunda realisasikan dikarenakan instabilitas kondisi ekonomi dunia yang berimplikasi pada kondisi
keuangan nasional, dan lainnya.( Simanjuntak
tahun 2005)