Hukum pajak bertujuan memberikan:
a. keadilan,
b. kemanfaatan, atau
c. kepastian hukum bagi Wajib Pajak.
Keadilan sebagai tujuan hukum pajak tercermin dalam pengenaan pajak kepada Wajib Pajak. Jika Wajib Pajak dianggap memiliki objek pajak, tetapi tidak tergolong sebagai objek kena pajak, Wajib Pajak tersebut tidak dikenakan pajak. Apalagi kalau Wajib Pajak sama sekali tidak memiliki objek pajak karena secara hukum dinyatakan pailit, maka tidak adil jika Wajib Pajak tersebut dikenakan pajak.
Kemanfaatan sebagai tujuan hukum pajak tercermin dari penggunaan pajak unutk membiayai pemerintahan dan pembangunan sebagai upaya mengurangi batas pemisah antara orang kaya dan orang miskin. Pajak yang dipungut dari Wajib Pajak dikembalikan ke masyarakat agar dapat dinikmati oleh Wajib Pajak maupun bukan Wajib Pajak.
Kepastian hukum sebagai tujuan hukum pajak diterapkan dalam pengihan pajak maupun penyelesaian sengketa pajak. Penagihan pajak tidak boleh dilakukan oleh siapapun, kecuali yang telah ditentukan. Bentuk, cara, dan jangka waktu penagihan harus dipenuhi agar tergolong sebagai penagihan pajak yang sah. Dalam penyelesain sengketa pajak terdapat lembaga peradilan pajak yang berwenang memeriksa dan memutus sengketa pajak.
Di samping itu, terdapat persyaratan yang harus dipenuhi Wajib Pajak untuk mengajuka keberatan, banding, dan gugatan. Sebaliknya, pihak yang menyelesaikan sengket pajak juga harus menaati persyaratan penyelesaian sengketa pajak yang telah ditentukan agar putusannya bisa diterima oleh pihak-pihak yang bersengketa.
Hukum pajak tidak selalu dapat mewujudkan tujuannya secara sekaligus dalam suatu penyelesaian sengketa pajak. Walaupun tidak dapat terlaksana secara keseluruhan, diupayakan agar keadilan dan kemanfaatan, keadilan dan kepastian hukum, atau kemanfaatan dan kepastian hukum tercermin dalam setiap keputusan yang diambil.